2019年1月31日，教育部正式批复：“复杂网络系统安全保障技术教育部工程研究中心”建设项目通过教育部验收。
教育部工程研究中心是我国高等学校科技创新体系的重要组成部分，是高等学校加强资源共享、促进学科建设与发展、组织工程技术研究与开发、加快科技成果转化、培养和聚集高层次科技创新人才和管理人才、组织科技合作与交流的重要基地和平台。工程中心建设宗旨是以国家中长期科学与技术发展规划为指导，结合学校学科整体规划，面向国际高新技术发展方向和国家经济建设、社会进步、国家安全的发展战略，将具有重要市场价值的科技成果进行工程化研究和系统集成，转化为适合规模生产所需要的工程化共性、关键技术或具有市场竞争力的技术产品。教育部对工程中心实行定期评估、动态管理、优胜劣汰、滚动发展的管理机制。
复杂网络系统安全保障技术教育部工程研究中心于2007年由教育部批准建设，经过十余年的建设历程，中心已成为东北大学和东软集团科技创新体系的重要组成，推动了学校计算机科学与技术、软件工程、信息与通信工程等学科的交叉融合发展，为学校一流大学建设和国家网络与信息安全领域的技术进步提供了重要支撑。
